Criação de áreas protegidas
A) Criação de um “Sistema de Áreas Protegidas Públicas e Privadas” para a região compreendida entre o Parque Estadual de Campos do Jordão e o Parque Nacional do Itatiaia e suas adjacências, envolvendo municípios paulistas e mineiros. Esta região de mais de 100 mil hectares guarda as áreas mais elevadas, as encostas mais íngrimes e os maiores remanescentes florestais contínuos de toda a serra - 60 mil hectares de florestas primárias e secundárias e mais de 6 mil hectares de campos de altitude, os quais são de extrema importância para a conservação da biodiversidade da Mata Atlântica e para a produção de água. Do lado paulista, abriga muitas das mais elevadas nascentes do Rio Paraíba do Sul, que abastece 15 milhões de pessoas, incluindo a cidade do Rio de Janeiro, e o maior parque industrial do Brasil, responsável por 12% do PIB nacional; no lado mineiro formam-se os principais contribuintes do Rio Grande, afluente da bacia do Rio Paraná, que é responsável por mais de 60% de toda a energia gerada no país. Além disso, a região em questão é área de armazenamento da maior província de água mineral do mundo. Este trabalho vem sendo desenvolvido com apoio do Departamento de Botânica da UNICAMP, do Instituto Florestal e da Fundação Florestal de São Paulo.
B) Durante o período de fevereiro de 2007 a junho de 2009 o Instituto Oikos de Agroecologia exerceu o cargo de secretaria executiva do Conselho do Mosaico de Unidades de Conservação da Serra da Mantiqueira, instituído pela portaria nº. 351 de 11 de dezembro de 2006. Atualmente o instituto faz parte do conselho como um dos membros representantes da sociedade civil. No Sistema nacional de Unidades de Conservação, a expressão mosaico é utilizada para representar um modelo de gestão integrada de unidades de conservação e áreas protegidas. Artigo 26, Lei Federal nº. 9985/00:
Quando existir um conjunto de unidades de conservação de categorias diferentes ou não, próximas, justapostas ou sobrepostas, e outras áreas protegidas públicas ou privadas, constituindo um mosaico, a gestão do conjunto deverá ser feita de forma integrada e participativa, considerando-se os seus distintos objetivos de conservação, de forma a compatibilizar a presença da biodiversidade, a valorização da sociodiversidade e o desenvolvimento sustentável no contexto regional.
Os mosaicos de unidades de conservação são instituídos com a finalidade de garantir o fortalecimento dos corredores ecológicos, aumentando a chance de reconectar as áreas naturais interrompidas entre as unidades de conservação e também entre os mosaicos.